Aj na vrátenie daňového preplatku sa vzťahuje lehota pre správcu dane a v rámci plynutia tejto lehoty je možné daňový preplatok vrátiť daňovému subjektu. Podľa § 79 ods. 5 zákona č. 563/2009 Z.z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v z. n. p. (ďalej len „daňový poriadok“) sa na vrátenie preplatku na žiadosť daňového subjektu vzťahuje lehota zániku práva vyrubiť daň alebo rozdiel dane upravená v § 69 ods. 1 daňového poriadku. Táto lehota je päťročná a začína plynúť od konca roka, v ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie alebo v ktorom bol daňový subjekt povinný daň zaplatiť aj bez povinnosti podať daňové priznanie, alebo v ktorom vznikol daňovému subjektu nárok na uplatnenie sumy podľa osobitných predpisov s odkazom na poznámku č. 1 k daňovému poriadku, napr. k zákonu č. 595/2003 Z.z. o dani z príjmov v z. n. p. (ďalej len „ZDP“), k zákonu č. 222/2004 Z.z. o dani z pridanej hodnoty v z. n. p. (ďalej len „zákon o DPH“).
Ak v tejto lehote daňový subjekt nepodá žiadosť o vrátenie daňového preplatku, v ktorej uvedie aj číslo účtu, na ktorý správca dane vráti daňový preplatok, po uplynutí tejto lehoty zaniká nárok na jeho vrátenie a suma daňového preplatku sa stáva príjmom štátneho rozpočtu alebo rozpočtu obce. Je na daňovom subjekte, aby sledoval plynutie lehoty na vrátenie daňového preplatku; ak nepodá žiadosť o jeho vrátenie včas, t.j. do konca piateho roka na zánik práva vyrubiť daň alebo rozdiel dane, musí priebežne sledovať sprístupnenú osobnú elektronickú zónu (§ 33 daňového poriadku).
Takýto postup bol upravený počnúc rokom 2017 z dôvodu, aby sa predišlo a predovšetkým zamedzilo prípadným nekalým praktikám poukázať a naložiť s preplatkom, pri ktorom už uplynula lehota na jeho vrátenie, ako tomu bolo do konca roku 2016. V takýchto prípadoch správca dane nevrátený preplatok v lehote zániku práva vyrubiť daň použil na započítanie daňového nedoplatku aj po zániku práva na jeho vrátenie, keďže daňový poriadok neustanovil postup, čo s daňovým preplatkom po uplynutí lehoty na jeho vrátenie. Preto správca dane naďalej evidoval nevrátený daňový preplatok aj po uplynutí lehoty na jeho vrátenie na osobnom účte tohto daňovníka.
Súčasne platný postup pri vrátení daňového preplatku je nasledovný: ak daňový subjekt nepožiada o vrátenie daňového preplatku, správca dane nemôže poukázať daňovému subjektu evidovaný daňový preplatok na jeho osobnom účte. Po uplynutí zákonnej lehoty na jeho vrátenie sa evidencia daňového preplatku u správcu dane ukončí a táto suma daňového preplatku sa (automaticky) stáva príjmom štátneho rozpočtu alebo rozpočtu obce. Žiadosť o vrátenie preplatku nie je spoplatnená, t.j. pri podaní žiadosti o vrátenie preplatku sa nevyžaduje zaplatenie správneho poplatku.
Výnimka, resp. vrátenie daňového preplatku aj po uplynutí lehoty zániku práva vyrubiť daň sa vzťahuje na prípady, ak daňový preplatok vznikol z dôvodu, že daň bola zaplatená na základe rozhodnutia správcu dane, ktoré bolo následne zmenené alebo zrušené, napr. súdom z dôvodu jeho nezákonnosti; v takýchto prípadoch daňový subjekt podá žiadosť o vrátenie daňového preplatku do 60 dní odo dňa právoplatnosti takéhoto rozhodnutia.
Ide o prípady súdneho konania vo veci posúdenia správnosti vyrubenia dane, napr. z daňovej kontroly, ktorého trvanie s konečným rozhodnutím je viac ako päť rokov.
Príklad č. 1:
Daňový subjekt podal daňové priznanie k dani z príjmov za rok 2024, v ktorom vykázal daňový preplatok vo výške 8 120 €.
Vo všeobecnosti (základná) päťročná lehota na zánik práva vyrubiť daň uplynie 31.12.2030. Počítanie tejto lehoty začína od konca roka, v ktorom bol daň