Určenie lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu je obsiahnuté v rámci ustanovenia § 79 ods. 1 resp. 2 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v z. n. p. (ďalej iba „zákon o DPH“).
V zásade platí, že ak v zdaňovacom období vznikne platiteľovi nadmerný odpočet, odpočíta platiteľ nadmerný odpočet od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom zdaňovacom období s výnimkou podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH. Ak platiteľ nemôže odpočítať nadmerný odpočet od vlastnej daňovej povinnosti v nasledujúcom zdaňovacom období, daňový úrad vráti neodpočítaný nadmerný odpočet alebo jeho neodpočítanú časť do 30 dní od podania daňového priznania za zdaňovacie obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom nadmerný odpočet vznikol alebo do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania, ak platiteľ nebol povinný podať daňové priznanie za zdaňovacie obdobie nasledujúce po zdaňovacom období, v ktorom nadmerný odpočet vznikol.
Podľa § 79 ods. 2 zákona o DPH sa vracia nadmerný odpočet do 30 dní od uplynutia lehoty na podanie daňového priznania za zdaňovacie obdobie, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, ak sú splnené nasledujúce podmienky na skoršie vrátenie nadmerného odpočtu:
a)
ak zdaňovacím obdobím platiteľa je kalendárny mesiac,
b)
ak platiteľ bol platiteľom najmenej 12 kalendárnych mesiacov pred skončením kalendárneho mesiaca, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, a
c)
ak platiteľ nemal v období 6 kalendárnych mesiacov pred skončením kalendárneho mesiaca, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, daňové nedoplatky a colné nedoplatky voči daňovému úradu a colnému úradu a nedoplatky na povinných odvodoch poistného podľa osobitných predpisov v súhrne viac ako 1 000 €.
Prerušenie lehoty na vrátenie nadmerného odpočtu
Zákon č. 563/2009 Z.z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v z. n. p. (ďalej iba "daňový poriadok") v rámci § 17 ustanovuje, že ak má správca dane pochybnosti o správnosti, pravdivosti alebo úplnosti podaného daňového priznania alebo jeho príloh, vyzve daňový subjekt na ich odstránenie. Vo výzve správca dane oznámi nedostatky daňového priznania, určí daňovému subjektu primeranú lehotu na ich odstránenie, ktorá nesmie byť kratšia ako 15 dní a poučí ho o následkoch uvedených v § 17 ods. 3 a ods. 4 daňového poriadku.
Ak sa v lehote ustanovenej v § 79 ods. 1 alebo