Vykonávanie dôkazov predstavuje podstatné štádium daňového konania. Jednotlivé dôkazy sú taktiež podkladom pre vydanie prvostupňového rozhodnutia správcom dane v daňovom procese. Posúdenie dôkazov je výlučným oprávnením správcu dane, pričom priebeh dokazovania si správca dane zhodnotí vo svojom rozhodnutí. Pri výklade pojmu "dôkaz" musí správca dane použiť extenzívne výkladové hľadisko. Správca dane pritom musí zohľadňovať všetky predložené a nadobudnuté dôkazy vo vzájomných súvislostiach, a to v prospech, aj neprospech daňového subjektu.
V rámci daňového konania prebieha štádium, ktorého základným cieľom je nadobudnutie dôkazných prostriedkov, ktoré sú potrebné k objasneniu skutkového stavu veci, ktorý je predmetom daňového konania a ktoré sa nazýva dôkazným konaním. Správca dane, ktorým je daňový úrad, colný úrad alebo obec má právnu povinnosť zisťovať podklady pre vydanie rozhodnutia v daňovom konaní. Pokiaľ v daňovom konaní jeho účastník alebo daňový subjekt tvrdí určitú skutočnosť, musí ju preukázať dôkaznými prostriedkami, inak nemá pre objasnenie skutkového stavu veci právny význam.
Právna úprava dôkazného konania a dôkazu
Podstatou dôkazného konania je spolupráca správcu dane s daňovým subjektom, ktorý je účastníkom daňového konania a ktorý má právo navrhovať dôkazné prostriedky za účelom preukázania svojich tvrdení v daňovom konaní. Predkladanie dôkazných prostriedkov pritom môže nastať v ktoromkoľvek štádiu daňového konania a v určitých prípadoch je nevyhnutné pre právnu relevanciu podania. Napríklad pri podaní odvolania má odvolávajúci sa daňový subjekt právnu povinnosť nielen uviesť svoje tvrdenia, ktoré sú podstatnými pre podanie odvolania, ale aj dôkazné prostriedky, ktoré tvoria prílohu odvolania a ktoré preukazujú tvrdenia odvolávajúceho sa daňového subjektu. Preto dokazovanie môže prebiehať aj v odvolacom konaní, a to v záujme dokázania v odvolaní uvedených tvrdení, daňovým subjektom.
Podstatným pojmom dôkazného konania v daňovom konaní je "dôkaz", ktorý sa v daňovom konaní vykladá extenzívne a je na úvahe správcu dane, či uzná dôkazný prostriedok alebo mu takýto význam neprizná a neuzná ho v dôkaznom konaní. Pritom vykonávanie dôkazov je výlučným oprávnením správcu dane, ktorý riadi dôkazné konanie. Správca dane však musí v odôvodnení svojho meritórneho rozhodnutia riadne uviesť, ktoré dôkazné prostriedky bral do úvahy a ktoré nepripustil na vykonanie v dôkaznom konaní a dôvody, ktoré ho k takémuto konaniu viedli.
Navrhovanie dôkazných prostriedkov pritom podlieha základným zásadám (ďalej len "zásady"), ktoré sú nosnými právnymi ustanoveniami, ktorými sa musí riadiť celé dôkazné konanie. Napríklad ide o zásadu právnej súladnosti dôkazného konania, ktorá ustanovuje, že každý dôkazný prostriedok musí byť získaný v súlade s právnou úpravou, inak nemôže byť vykonaný v daňovom konaní, a to ani vtedy, keď preukazne potvrdí skutočnosť, ktorá je podstatná pre priebeh daňového konania. Preto správca dane musí vyhodnotiť dôkazné prostriedky v súlade s právnou úpravou a sledovať jej dodržiavanie počas celého dôkazného konania.