Cieľom daňovej kontroly je zistiť, resp. preveriť skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane alebo dodržiavanie osobitných predpisov. Daňová kontrola je z tohto hľadiska jedným z najvýznamnejších nástrojov v podmienkach správy daní, ktorá slúži na ochranu fiškálnych záujmov štátu (na pozadí ktorého je snaha maximalizovať príjmy štátneho rozpočtu) pri súčasnom zachovaní práv a právom chránených záujmov daňových subjektov a iných osôb.
Keďže ide o inštitút výrazne zasahujúci do postavenia a slobody daňového subjektu, je potrebné, aby správca dane rešpektoval zásadu minimalizácie zásahov do práv daňových subjektov nielen z hľadiska jednotlivých úkonov vykonávaných voči daňovému subjektu a požadovaných od daňového subjektu, ale aj z hľadiska trvania daňovej kontroly. Táto zásada vyplýva z § 3 ods. 2 zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v z. n. p. (ďalej len „daňový poriadok“), podľa ktorého je správca dane povinný vybaviť každú vec bezodkladne a bez zbytočných prieťahov a použiť najvhodnejšie prostriedky, ktoré vedú k správnemu určeniu a vyrubeniu dane. V opačnom prípade to môže mať vážny dopad na zákonnosť daňovej kontroly.
Daňová kontrola predstavuje verejno-mocenský zásah do individuálnej sféry daňového subjektu, ktorý v konečnom dôsledku najčastejšie smeruje k dorubovaniu daní a sekundárne k ukladaniu sankcií. Inak povedané, daňová kontrola predstavuje tzv. „prípravné konanie“, ktoré slúži na získanie a zhromaždenie dôkazného podkladu pre následné rozhodnutie správcu dane vydané vo vyrubovacom konaní. Daňová kontrola je teda svojou povahou procesom kontrolným, a nie rozhodovacím (Pozn.: Nález Ústavného súdu Slovenskej republiky, sp. zn. I. ÚS 238/06 z 16. decembra 2008).
Keďže ide o závažný zásah a nadmernú záťaž pre kontrolovaný daňový subjekt, je ohraničená dĺžka jej trvania zákonnou lehotou. Lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac jeden rok odo dňa jej začatia. To však neznamená, že správca dane má aj naozaj vykonávať daňovú kontrolu jeden rok – jeho povinnosťou je ukončiť daňovú kontrolu čo najskôr, a to bez zbytočných prieťahov, pričom jednoročná lehota predstavuje maximálny limit jej trvania.
V daňovej praxi sa možno stretnúť s prípadmi, keď správca dane v snahe získať čas navyše vykoná určité zákonom (formálne) prípustné úkony, avšak z materiálneho hľadiska tieto úkony môžu vykazo